Hola! Esto va a requerir que vayas depurando el caso poco a poco hasta que llegues a la razón por la que está pasando.
Por ejemplo, podrías sumar las ventas por día e ir comparando los resultados de ambas fuentes y ver si hay ciertos días con diferencias o si la diferencia está presente en todos los días. Podrías empezar por mes, luego semana y así, pero básicamente la idea es ir segmentando los datos para encontrar dónde están las diferencias.
Ahora lo primero que se me viene a la mente, en temas técnicos de lo que podría estar pasando, es que revises si no hay un tema con las comas (,) y los puntos (.) donde en algún lugar alguno de los programas los esté invirtiendo, donde en uno considera los puntos (.) como divisor decimal y en otro considera las comas (,) como divisor decimal.
Lo otro (pero lo dudo) que puede ser es que una de las fuentes tenga mayor número de decimales que son cortados en la otra fuente y que uno a uno no hace la diferencia, pero al sumarlos todos, te da esa diferencia que mencionas.