Hola,
La diferencia es que un dataset únicamente es el conjunto de datos, tal cuál el que utilizaste para construir tu informe y lo puedes usar para construir otros informes.
Por otro lado, un dataflow es una herramienta de extracción, transformación y carga (ETL) que permite preparar datos en Power BI usando el servicio en la nube.
Ambos pueden trabajar en conjunto, ya que puedes crear un dataflow que alimente varios datasets, maximizando así la eficiencia y reutilización de los datos en Power BI.
¡Saludos!